System zarządzania ZPORR w niewystarczający sposób zapobiega zjawiskom korupcji politycznej i administracyjnej. W szczególności zagrożone są procedury wyboru projektów oraz niedawno zmieniony system przetargów z kilku przyczyn: (1) zbyt skomplikowanego i wieloetapowego procesu zarządzania, (2) niewłaściwego rozkładu odpowiedzialności między różnymi władzami publicznymi, a także między politykami i urzędnikami, (3) źle zaprojektowanych instytucji (np. regionalnych komitetów sterujących), (4) nieprecyzyjnych regulacji, dotyczących m.in. zapewnienia jawności procedur, (5) braku specjalnych regulacji zapobiegających korupcji, (6) kultury politycznej i administracyjnej w Polsce. Dlatego projektowany system zarządzania programami regionalnymi na lata 2007–2013 powinien uwzględniać konkluzje przedstawione w tym artykule, a także zostać przeanalizowany z punktu widzenia zabezpieczeń przed korupcją.
Artykuł opiera się na systematycznym przeglądzie literatury naukowej dotyczącej zjawiska korupcji w polskim samorządzie po 1989 r. Wyodrębniono w nim główne dyscypliny naukowe zajmujące się tym zagadnieniem, scharakteryzowano źródła danych wykorzystywane przez badaczy, przedstawiono różnorodność problemów badawczych w ramach poszczególnych dyscyplin oraz główne wnioski z tych z badań. Artykuł kończą rekomendacje, w których postuluje się wzmocnienie interdyscyplinarności badań, podjęcie badań nad oddolnymi mechanizmami antykorupcyjnymi oraz politycznymi reperkusjami korupcji samorządowej.
